αλληλούχιση μεμονωμένου μορίου σε πραγματικό χρόνο (SMRT)

η αλληλουχία SMRT βασίζεται στην αλληλουχία με τη σύνθεση να είναι διαθέσιμη. Το DNA συντίθεται σε οδηγούς κύματος μηδενικής λειτουργίας (ZMWs) - μικρά δοχεία που μοιάζουν καλά με τα εργαλεία σύλληψης που βρίσκονται στο κάτω μέρος του φρεατίου. Η αλληλούχιση διεξάγεται με χρήση μη τροποποιημένης πολυμεράσης (προσαρτημένη στον πυθμένα του ZMW) και σημασμένων με φθορισμό νουκλεοτιδίων που ρέουν ελεύθερα στο διάλυμα. Τα φρεάτια είναι κατασκευασμένα με τρόπο που ανιχνεύεται μόνο ο φθορισμός που εμφανίζεται από τον πυθμένα του φρεατίου. Η φθορίζουσα ετικέτα αποσπάται από το νουκλεοτίδιο κατά την ενσωμάτωσή της στον κλώνο DNA, αφήνοντας ένα μη τροποποιημένο DNA νήμα. Σύμφωνα με τον Pacific Biosciences (PacBio), τον προγραμματιστή τεχνολογίας SMRT, αυτή η μεθοδολογία επιτρέπει την ανίχνευση τροποποιήσεων νουκλεοτιδίων (όπως μεθυλίωση κυτοσίνης). Αυτό συμβαίνει μέσω της παρατήρησης της κινητικής της πολυμεράσης. Αυτό είναι διαθέσιμο για ανάλυση αναλύσεων 20, 000 νουκλεοτιδίων ή περισσότερων, με μέσο μήκος ανάγνωσης 5 kilobases. Το 2015, η Pacific Biosciences ανακοίνωσε την κυκλοφορία ενός νέου οργάνου αλληλουχίας που ονομάζεται Sequel System, με 1 εκατομμύριο ZMWs σε σύγκριση με 150, 000 ZMWs στο όργανο PacBio RS II. Η αλληλουχία SMRT αναφέρεται ως αλληλουχία "τρίτης γενιάς" ή "μακρόχρονη ανάγνωση".

Εικόνα 151Α | Οι πολλαπλές, κατακερματισμένες αναλύσεις συνένωσης πρέπει να συγκεντρωθούν βάσει των επικαλυπτόμενων περιοχών τους. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) από το Wikimedia Commons

Συγγραφέας : Milos Pawlowski

Παραπομπές:

Τεχνικές Μοριακής Βιολογίας Ι

Εργαλεία Μοριακής Βιολογίας II