η αλληλούχιση μεγάλης κλίμακας στοχεύει συχνά στην αλληλούχιση πολύ μεγάλων τεμαχίων DNA, όπως φαίνεται από ολόκληρα χρωμοσώματα, παρά το ότι η αλληλουχία μεγάλης κλίμακας μπορεί με τον ίδιο τρόπο να χρησιμοποιηθεί για τη δημιουργία πολύ μεγάλου αριθμού σύντομων αλληλουχιών, όπως φαίνεται από το phage display. Για μεγαλύτερους στόχους όπως φαίνεται από τα χρωμοσώματα, οι κοινές προσεγγίσεις συνίστανται στην κοπή (με περιοριστικά ένζυμα) ή στη διάτμηση (με μηχανικές δυνάμεις) μεγάλα DNA θραύσματα σε μικρότερα DNA θραύσματα. Το κατακερματισμένο DNA 2Α2 μπορεί στη συνέχεια να κλωνοποιηθεί σε φορέα DNA και να ενισχυθεί σε βακτηριακό ξενιστή όπως φαίνεται από το Escherichia 2Α2 coli. Κοντό DNA θραύσματα που καθαρίζονται από μεμονωμένες βακτηριακές αποικίες ενδεικτικά αλληλουχίζονται και συναρμολογούνται ηλεκτρονικά σε μία μακρά, συνεχόμενη συνένωση. Μελέτες έχουν δείξει ότι η προσθήκη ενός βήματος επιλογής μεγέθους για τη συλλογή DNA 2Α2 θραυσμάτων ομοιόμορφου μεγέθους μπορεί να βελτιώσει την αποτελεσματικότητα αλληλουχίας και την ακρίβεια της διάταξης του γονιδιώματος. Σε αυτές τις μελέτες, το αυτοματοποιημένο μέγεθος έχει αποδειχθεί πιο αναπαραγώγιμο και ακριβές από το χειροκίνητο μέγεθος τζελ.
Εικόνα 149Α | Ένα παράδειγμα των αποτελεσμάτων της αυτόματης αλληλουχίας τερματισμού αλυσίδας DNA. | Abizar στην αγγλική Wikipedia / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Radioactive_Fluorescent_Seq.jpg) από το Wikimedia Commons
Συγγραφέας : Milos Pawlowski
Σχόλια
Δημοσίευση σχολίου