το Strand-seq προτάθηκε αρχικά ως εργαλείο για την αποκάλυψη ανταλλαγών αδελφών χρωματοειδών. Όντας μια ενέργεια που εντοπίζεται σε μεμονωμένα κελιά, η αλληλουχία DNA σε περισσότερα από ένα κελιά θα διασκορπίζει απολύτως αυτά τα αποτελέσματα και θα υποδηλώνει απουσία συμβάντων SCE. Επιπρόσθετα, οι κλασικές τεχνικές προσδιορισμού αλληλουχίας μονού κυττάρου δεν είναι σε θέση να δείξουν αυτά τα γεγονότα λόγω ετερογενών προκαταλήψεων ενίσχυσης και πληροφοριών συνδυασμού διπλών κλώνων, απαιτώντας έτσι Strand-seq. Χρησιμοποιώντας τις πληροφορίες ευθυγράμμισης αναφοράς, οι ερευνητές μπορούν να αποκαλύψουν ένα SCE εάν αλλάξει η κατεύθυνση ενός κληρονομούμενου κλώνου προτύπου.
προσδιορισμός παραμορφωμένων συναυλιών
τα παραμορφωμένα contigs υπάρχουν στα γονιδιώματα αναφοράς με σημαντικούς ρυθμούς (π.χ. 1% στο γονιδίωμα αναφοράς ποντικού). Το Strand-seq, ενώ σε συμβατικές μεθόδους αλληλούχησης, μπορεί να αποκαλύψει αυτούς τους αποπροσανατολισμούς. Υπάρχουν παραμορφωμένοι συναγωνιστές όπου η κληρονομιά κλώνου αλλάζει από τη μία ομόζυγη κατάσταση στην άλλη (π.χ. WW σε CC ή CC σε WW). Επιπρόσθετα, αυτή η αλλαγή κατάστασης είναι ορατή σε κάθε βιβλιοθήκη Strand-seq, ενισχύοντας την παρουσία ενός παραμορφωμένου contig.
Εικόνα 263A | Η έξοδος του BAIT, που εμφανίζει τις μετρήσεις ανάγνωσης και για τα σκέλη Watson (W, green) και Crick (C, blue). Κάθε γραμμή αριθμού ανάγνωσης δείχνει τον αριθμό των αναλύσεων που ευθυγραμμίζονται με ένα συγκεκριμένο κάδο 200-kb του γονιδιώματος αναφοράς. Από εδώ, συνάγεται η γονική πρότυπη κληρονομιά κλώνου. Όπως, εάν και τα δύο αντίγραφα ενός 200-kb χρωμοσωμικού τμήματος στο θυγατρικό κύτταρο συντέθηκαν από κλώνους προτύπου Watson στο μητρικό κύτταρο, αυτό θα αντιπροσωπεύονταν από μια μεγάλη πράσινη ράβδο που δείχνει καθαρά ευθυγράμμιση W σε αυτήν την χρωμοσωμική περιοχή. Επίσης, οι εναλλαγές μεταξύ ομόζυγων και ετερόζυγων καταστάσεων κληρονομιάς κλώνου προτύπου ερμηνεύονται ως ανταλλαγές αδελφών χρωματοειδών (SCEs). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Συγγραφέας : Yavor Mendel
Σχόλια
Δημοσίευση σχολίου